现在小规模纳税人是开免税的发票，我们结算报告是否仍按回3%税点计入？

不对的，税金是要有的，不然税务局会认为这样是偷税漏税的

应该按正常

结算报告仍然是按3%计入，税后另加一行退税说明，退还甲方因免税而少交的税金。

小规模纳税人可以开免税的发票，是国家给予小规模纳税人的优惠，不是给建设单位的优惠，这部分免除的税金归小规模纳税人所有。所以，审计还得按正常规定计税。