进项税和销项税是否冲突？

材料商给施工单位开的进项税，和施工单位给甲方开票的增值税（销项税），这两个是否冲突？

1.在广联达GBQ软件中应该输入含税价还是非含税价？

2.计入到分部分项的材料价是含税价还是非含税价？

例：施工单位采购混凝土，进项税3%由施工单位承担（单价已含税），后期工程款给甲方开票增值税9%，虽然可抵扣（9%-3%=6%），抵扣后实际施工单位只需承担6%，但前面承担的3% 本次承担的6%，施工单位实际还是承担了9%的增值税并没有少？